يسير المركز الوطني لليقظة الصحية الحيوانية مدير عام الذي يتولى التسيير الفني والإداري والمالي في نطاق توجيهات سلطة الإشراف. يشتمل المركز على إدارتين ادارة اليقظة الوبائية للأمراض الحيوانية والتكوين وتنمية الكفاءات وإدراة المراقبة الوبائية والتقييم.
كما يشتمل المركز على 6 وحدات جهوية تعنى، كل في حدود اختصاصها الترابي، بتنسيق عمليات المراقبة واليقظة الوبائية والدراسات الميدانية ذات الصلة
