إذا لزم الأمر، وبالنسبة لبعض الإحالات المعقدة، يتم تشكيل مجموعات عمل لدعم لجنة الخبراء المتخصصينوتضم خبراء في موضوع الإحالة. يقترح أعضاء لجنة الخبراء لائحة أعضاء مجموعة العمل ويتم تعيينهم رسميا من قبل المدير العام للمركز.
تجتمع مجموعة العمل عدة مرات ويتم تجميع المعارف من كل خبير ثم إعداد تقرير نهائي.
حاليا تم تقديم مجموعات عمل عديدة و هي:
- إحالة فريق العمل " التحليل النوعي لمخاطر تلوث المحار تونسي للتصدير، من قبل نوروفيروس "
- إحالة فريق العمل" تقييم المخاطر الصحية لتغذية الأسماك المستزرعة مندقيق الدواجن فيما يتعلق بمخاطر التهابات الدماغ الاسفنجى المنتقلة وعواقبه المحتملة في مجال الصحة العامة البيطرية "
- إحالة فريق العمل" تقييم مخاطر دخول مرض حمى الوادي المتصدع لتونس ".